程莘农认为针灸治疗疾病，虽不同于药物，但选穴处方和施术手法，同样离不开中医学诊疗疾病辨证论治的原则。
缘理辨证、据证立法，准确辨证是取得疗效的前提。临证时程莘农尤重视经络辨证，他认为经络辨证是以经络学说为理论基础来概括经络病变的临床表现以及经络、脏腑病变时的相互影响，总结出病变表现一般规律，实现以病归经，以经知脏，准确诊断。
施术时强调“宁失其穴，勿失其经”，表现了对经络的高度重视，在具体诊断和辨证施治过程中，主要掌握三要点，才能有的放矢，提高诊治疗效。
1、掌握经脉循行，归经辨证程莘农认为只有熟记经络循行，认清病候归经，才能够准确地进行经络辨证。
经络循行和病候归经在经络辨证中具有重要作用。“有诸内必形之于外”，任何疾病都以其一定的“病候”表现于外，“经络所通，病候所在，主治所及”，各经脉病候与其经脉循行特点密切相关。
通过对病候进行分析，判断病在何经、何脏(腑)，据此进行处方配穴，或针或灸，或补或泻。虽然十二经脉病候与脏腑病候有很多相似之处，但十二经脉病候以经脉循行部位的病变较多，而脏腑病候则以内脏病变较多。
如胸肺部胀满，咳喘，缺盆中痛，肩背寒痛，臑臂内前廉痛，口渴，心烦，恶寒发热，汗出等病候常从肺经论治。
十二经病候常有交叉，如心烦，可见于手太阴肺经、足阳明胃经、足太阴脾经、足少阴肾经及手厥阴心包经病变。这时可根据其他症状来判定，若其他症状为足少阴肾经病变，则心烦属足少阴肾经。
将病候按十二经进行分类归经，结合其他辨证方法，就可以循其内外，复杂的病候也就有所归属，以辨明病因、病位、病性而立法处方。
程莘农强调进行经络辨证时，除应重视十二经病候规律外，还应注意经脉循行部位的病变，尤其是局部的疼痛、发热等感觉变化和拘挛、屈伸活动转侧受限等功能障碍症状，如脾经通过腹部，故腹部胀满属脾。
前头痛属阳明经，偏头痛属少阳经，头顶痛属厥阴经等，都是依据经脉循行路线进行经络辨证。“凡刺之理，经脉为始”，只有熟记经络循行才能循经取穴，辨证论治。
2、掌握穴位主治，明性配穴
程莘农认为临证处方选穴，首先应掌握穴位主治和腧穴的特性，就像中医大夫不仅要熟记方剂，而且要掌握每味中药的功效主治。因为用药、用穴都是在中医学基础理论指导下进行的，穴位和中药的作用常有异曲同功之妙。
例如，列缺宣肺止咳，功似桔梗、杏仁;曲池去血中之风，功似荆芥;大椎调和营卫，功似桂枝、白芍;风池既能疏散外风，又能平熄内风，功似钩藤、防风;足三里大补元气，功似人参、黄芪;阳陵泉疏肝利胆，功似柴胡、竹茹等等。
但在治疗中，腧穴作用又多优于药物，一穴往往具有多方面功能和双向调节的作用，这些是药物所不具备的优点。如关元穴补气之功似人参，但又能行气活血化瘀，对妇科月经病有很好的疗效，较之人参又有泻的作用。
“腧穴所在，主治所及”，每个腧穴可以治疗所在部位的浅表和内脏疾患，即近作用，如太溪位于内踝处，能主治内踝肿痛。
除此以外，每一个腧穴还有它不同的属性和特性，即是属于同一条经的腧穴，在主治上都有它的共同点，属于哪经的穴位，都可以治疗本经的疾病，例如前面提到的太溪穴，由于它归属于足少阴肾经，且为肾经之输穴、原穴，经气输注之处，肾经又通向脊柱，故太溪除了可以治疗内踝痛外，还可治疗腰脊痛。
另外，每一腧穴在治疗上除共同点外，还有其特殊作用，即特性，如合谷为汗穴，内关为吐穴，丰隆为痰穴，气海、关元为补气之穴，足三里为保健穴等。
3、掌握依法定方，据证选穴程莘农认为针灸处方配穴规律与方剂的君、臣、佐、使配伍原则基本相似，配穴乃某穴之特性与他穴之特性互相佐使，而成特效之用，犹之用药，某药为主，某药为辅，相得益彰也。
例如，“补中益气”，用药用补中益气汤，用穴则用百会(相当于升麻、柴胡)、关元(相当于人参)、气海(相当于黄芪)、足三里(相当于白术)。
“心肾不交”，方剂选用交泰丸以交通心肾，以黄连为君，肉桂为臣，而针灸即可选取心经和肾经原穴，神门为君，太溪为臣，也可取心经经穴神门和肾经经穴太溪，还可取心包经八脉交会穴内关和足三阴经交会穴三阴交，又可取背部的心俞和肾俞，此乃穴药殊途同归之理。
程莘农重视据证按经取穴，强调要掌握这种方法，必须充分了解脏腑生理、病理、经络循行路线、阴阳、五行、表里关系、腧穴特性等，才能灵活应用。按经取穴治疗复杂疾病的效果较局部取穴明显，可单独使用，也可配合使用，主要包括本经取穴、异经取穴(表里经取穴)、五输取穴法。
按症选穴是指对某些疾病的症状和表现，形成其经验选穴方法。如大凡风证，程莘农多取风池，风池既疏散外风，又平息内风，内外兼治;
“气虚则麻，血虚则木”，上肢麻木取外关、后溪，下肢麻木取中渎、悬钟;尿检化验出现红细胞常取血海，出现白细胞常取大椎、足三里;出现蛋白常取阴陵泉、三阴交。
如程莘农治疗中风后遗症弛缓性软瘫属虚证者，先取大椎、大杼、肩髃、曲池、合谷以振奋阳气，疏通经络;
伴有上肢下垂，瘛疭无力，不能上举，加天宗、肩髎、臑俞;下肢软弱无力，手足无力加后溪、申脉;有足内翻或足外翻者，加照海、申脉，但足内翻者常泻照海，补申脉，外翻者泻申脉，补照海，等等。
程莘农认为辨证益精，治疗益专，应坚持守法守方治疗，不宜轻易变更。因为治疗疾病是由量变到质变的过程，慢性病需坚守原方治疗较长时间才能获效。
针灸临床取穴的多少亦应以证为凭，以精为准，以适为度，以效为信，取穴多少，当以大、小、缓、急、奇、偶、复为原则，不能胶柱鼓瑟，故临床取穴时，少则一二穴，多达十几二十穴。
